Molekulare Medizin (Bachelorstudium)
(SS 2023)
LifeScience - Next Generation Sequencing (Wahlfach)
Lecturer
- Stefan Coassin , PhD
- Sebastian Schönherr , Dr.techn.
Inhalt
Datum und Uhrzeit
Der Kurs findet von Dienstag 30.5 - Montag 5.6 zwischen 13:00 - 16:00 Uhr statt. Am 31.5 ist das voraussichtliche Ende 19:00 Uhr.
LifeScience3: NGS
Theoretisches Ziel: Einführung in die NGS-Technologie und in dessen bioinformatische Auswertung. Praktisches Ziel: Bestimmung der Zusammensetzung diverser Biersorten mittels Next Generation Sequencing
Inhalte des Kurses:
- Der Kurs wird einen praktischen und einen bioinformatischen Teil enthalten.
- Einführung in NGS Technologien (Wiederholung VO Coassin aus „Modul MM 2.2: Molekularbiologische Methoden II“)
- Kurze Vertiefung in third generation sequencing Technologien
- DNA Isolation aus diversen Gemischen mit unterschiedlicher Zusammensetzung (voraussichtlich unterschiedliche Biersorten)
- Quantifizierung der DNA mittels Photometer oder Fluorometer
- Agarose-Gelelektrophorese zur Abschätzung der DNA Fragmentgröße bzw. DNA Qualität
- Herstellung von whole genome sequencing libraries (Transposase-basierte libraries)
- Real-time Sequenzierung auf einem Oxford Nanopore Sequencing System
- Einführung in die bioinformatische Auswertung von NGS Daten (Abläufe, klassische Dateitypen, eventuell kurze Einführung in UNIX/Linux-Systeme, Konzepte zur reproduzierbaren Datenanalyse)
- Rohdatenprozessierung und Qualitätskontrolle der Daten
- Bioinformatische Auswertung: Identifikation der Spezies im Gemisch, Suche nach passenden Referenzgenomen, Alignment zum Referenzgenom, Bestimmung der Genomabdeckung;
- falls genügend Zeit: Versuch Unterschiede zum Referenzgenom zu finden